在一个陌生的城市醒来，一个对自己是谁没有记忆的人必须面对自己身份的谜团。但他不顾一切地寻找自己的过去，使他与强大的敌人对抗，导致一场决战，这将决定他的命运并揭示他的真实身份。——哥斯拉

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，

拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪，内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……